Chùa Phước Sơn được dựng trên núi Phú Mỹ Sơn, mặt hướng Nam, trước có cánh đồng lúa tên Đồng Tròn và con sông La Hai chảy qua. Đây là ngôi tổ đình của chi phái Chúc Thánh dòng Lâm Tế chánh tông tại Phú Yên, ngôi danh lam của miền Trung nước Việt.

Có hai hướng đến Chùa Phước Sơn. Một là theo con đường vào chùa Triều Tôn ở xã Xuân Thọ 2, huyện Sông Cầu (gần cầu Lò Vôi), đi tiếp khoảng 6 km. Hai là từ thị trấn Chí Thạnh, rẽ vào chùa Bảo Sơn ở xã An Định, huyện Tuy An, đi tiếp đến chùa.

Chùa do ngài Liễu Năng, hiệu Đức Chất khai sơn vào năm Gia Long nguyên niên (1802). Chùa Triều Tôn ở Sông Cầu và chùa Bảo Sơn ở Tuy An do hai vị sư đệ của ngài Liễu Năng là Liễu Diệu và Liễu Căn khai sơn vào năm Gia Long nhị niên (1803). Đây là ba ngôi tam bảo danh tiếng của chi phái Chúc Thánh, dòng Lâm Tế chánh tông tại Phú Yên. Chùa Phước Sơn được xây trên núi Phú Mỹ, quay mặt về hướng Nam, nhìn ra đồng ruộng mênh mông. Con sông La Hai chảy xuống cầu Ngân Sơn tạo một cảnh sắc đẹp đẽ bội phần cho ngôi già lam cổ sát Phước Sơn.

Xem thêm:Tour Khám Phá Gành Đá Đĩa Mũi Điện Phú Yên Hấp Dẫn Nhất

Lúc đầu chỉ là ngôi chùa nhỏ, lợp tranh vách đất. Đến đời ngài Quảng Thiện trụ trì, đã xây dựng ngôi chùa khang trang vào năm 1836. Các vị trụ trì kế tiếp là Huệ Nhãn, Pháp Tạng, Thiền Phương, Phước Trí đã tiếp tục việc trùng tu tôn tạo ngôi chùa thành ngôi danh lam cổ tự trên đất miền Trung.

Với lịch sử gần 200 năm, chùa đã trải qua 6 đời truyền thừa. Từ ngôi chùa lợp tranh vách đất ban đầu, các vị trụ trì kế tiếp liên tục trùng tu phát triển. Các Ngài đều là những danh tăng của Phật giáo: Ngài Liễu Năng, Ngài Quảng Thiện, Ngài Huệ Nhãn, Ngài Pháp Tạng, Ngài Thiền Phương và hiện nay là Hòa thượng Thích Phước Trí, trụ trì từ năm 1950.

Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Chính giữa tôn trí tượng đức Phật Thích Ca ngồi thiền định trên tòa sen, án hai bên thờ tượng Bồ tát Quan Thế Âm, Bồ tát Chuẩn Đề và Bồ tát Địa Tạng. Trước tượng Bổn sư, có bộ tượng Di Đà Tam Tôn (A Di Đà, Quan Thế Âm, Đại Thế Chí) và hai tượng Hộ Pháp. Sau điện Phật là nhà tổ, thờ Tổ sư Đạt Ma và long vị chư tổ của chùa.

Dọc theo triền núi, phía trái có hai ngôi tháp, một của Tổ khai sơn Liễu Năng và ngài Thiền Phương. Phía tay phải trên đường vào chùa, là tháp của các ngài Huệ Nhãn, Quảng Thiện và Pháp Tạng.

Chùa còn giữ nhiều bảo vật của Triều đình nhà Nguyễn ban thưởng 6 lần từ năm 1881 đến 1939.

• Lần thứ nhất: cây gấm có tên Vạn Thọ Như Ý vào niên hiệu Tự Đức năm thứ 34 (1881)
• Lần thứ hai: 1 bộ y cà sa màu đỏ, 1 chiếc mão Quan Âm, 1 đồng kim tiền có khắc 2 chữ Tam Thọ vào niên hiệu Thành Thái thứ 8 (năm1896)
• Lần thứ ba: một đại hồng chung, một cặp bảo cái, mộ y càsa và một chiếc mão Quan Âm vào niên hiệu Thành Thái thứ 9 (năm 1897)
• Lần thứ tư: chiếc kim khánh có khắc chữ Khâm Tai, một đồng tiền có khắc chữ Triệu dân lại chi vào niên hiệu Thành Thái thứ 10 (năm 1898)
• Lần thứ năm: một đồng ngân tiền vào niên hiệu Thành Thái thứ 13 (năm 1901)
• Lần thứ sáu: ban "Biểu ngạch Sắc Tứ" vào niên hiệu Bảo Đại thứ 14 (năm 1939).